答：是的，具體看，電商企業從農業公司收購進來的農產品可以進行抵扣進項稅。電商企業在購買農產品進行經營時，購買產品中應納稅額屬于進項稅，并且可以抵扣稅費，扣除其進項稅，之后結果反映到納稅申報表中，最終實現減免應納稅款的效果。 此外，電商企業收購的農產品，如果涉及增值稅，還需要申報增值稅，在計算完后也可以反映到納稅申報表中，最終實現減免增值稅款的效果。因此，電商企業可以根據實際情況進行抵扣，以提升經營效益，降低稅收負擔。