根據《增值稅電子發票開票規定》，電子發票開票金額應當與簽訂的合同金額完全一致，如果開票金額比合同金額少了三分錢，則可以采取以下措施進行處理： 一是盡快向發票客戶補錄發票，將發票開票金額和合同金額按照服務、商品價款總額與稅額金額各開一張補錄發票，以此來解決。 二是發票客戶可以申請重新開具發票，重新開具發票時，原發票無效。 三是把發票客戶凍結或作廢，企業可以向稅務機關申請凍結此發票，以防止發票客戶非法使用，或者作廢此張發票重新開具發票，同時作出書面的開票證明，以免造成不必要的損失。 四是發票客戶攜帶合同或憑證，向銀行辦理支票，為補充款項進行貼現。 以上是電子發票開票金額比合同金額少了三分錢的處理方式，為了規范開票程序，納稅人應當確定合同金額在開票前進行嚴格核實，確保開票金額與合同金額完全一致，以免出現紕漏。