根據《個人所得稅法》規定，個人自然人發票稅款超過五萬元的部分，是應納稅額，應納稅額由稅率加計征標準的乘積決定的。具體稅率有：國家增值稅：6%；城市維護建設稅：3%；地方教育費附加：3%;企業所得稅：25%；個人所得稅：5%。 在此案例中，50萬元發票稅款應納稅額計算方式：稅款金額50萬元，稅率為6%，計征標準為30000元，即應納稅額為：稅款金額50萬元*稅率6%/計征標準3000元=3000元。 因此，個人自然人發票50萬元總共應繳納3000元的稅款。 拓展知識：應稅費用除了按照稅款總額算稅之外，還要按照稅款計征標準來算稅。稅款計征標準比例是按照國家規定的計算出來的，根據不同稅種有不同的計算比例，比如國家增值稅，城市維護建設稅，地方教育費附加。