處理實收資本超過注冊資本的方式是：企業應當向有關主管部門報告超過注冊資本的實收資本，由有關主管部門對相關報告進行審核，并在經審批后，及時修改企業的相關營業執照和登記登記表或章程，確定有效實收資本。 A公司超過注冊資本部分的管理須得到有關部門頒布的備案，把有關超過部分寫入營業執照、登記表或章程中，并向有關部門申報備案，以完成法律手續。否則，可能會影響企業后期發展，乃至被查處。 另外，注冊資本可以經過相關機構審核，通過公示的方式，對所有合法的企業注冊資本變更進行審批，以確保企業的合法發展。有關部門審核后，將回復企業有關材料，完成企業注冊資本變更的手續。