水利基金是按照含稅收入繳納的，一般會收取比例在2%-3%不等，比較復雜，因為不同的相關稅收會有所不同。比如，對于個人所得稅而言，居民按照比例征收，即萬分之五，但是公司和機構則按照一定的稅率來扣繳，有可能是預征稅或者逐項稅率。此外，還要考慮到不同地區的不同稅率，有時候還需要考慮到財產稅、消費稅之類的稅種。另外，企業稅務部門在對含稅收入進行征稅時也要考慮納稅減免或者協定減免的情況，以及增值稅附加稅的計算。 總的來說，水利基金的繳納基本上都是按照含稅收入的，了解具體的稅額和比例，就要根據政府公布的稅收政策以及當地具體的實施情況來確定，這就需要對相關的稅收法規進行深入、準確的了解和分析。