當分公司注銷時，應該對總公司的賬款做出處理。如果可以的話，可以用公司的資金進行清償，及時關閉應付賬款（總公司）。但如果公司沒有足夠的資金可以還，辦理注銷的流程還是有必要的，只是有些需要特殊的辦法來解決應付賬款（總公司）的問題。 對于應付賬款（總公司）的處理，有以下幾種方式： 一、履行合同，按照當初約定的條件履行未結清的合同； 二、開出未收發票，將未收發票全部開出，收款方在收到并入賬后再辦理注銷手續； 三、由當事人自行協商，約定分公司提供定期提供一定數額的賬款還款，一旦違反約定，總公司有權追究責任； 四、余額轉換，將剩余款項轉入總公司在本區域的非存款科目； 五、出具擔保，由總公司出具擔保，保證未來分公司履行結清賬款的義務。 以上幾種方式非常重要，在處理應付賬款（總公司）問題時，要及時采取有效措施保護總公司的權益。