根據相關法律法規，開具的農業合作社免稅發票是可以按票面9%來進行抵扣的。具體的操作方式是：首先拿到發票的單位應當進行審核，校驗發票的真實性，確認發票的內容符合當地的要求，再依據發票的金額精確計算出免稅發票的金額，然后在記錄發票的信息，根據免稅發票金額乘以9%的稅率，把發票的金額抵扣稅費。 此外，值得注意的是，農業合作社免稅發票除了可以 9% 抵扣稅率外，還有其他一些使用限制，如需使用非增值稅發票的抵扣，需要滿足特定的條件，可以在當地稅務局的網站上查詢相關資料。而且，開具的農業合作社免稅發票需要在一定時間內進行使用，否則可能會造成該發票失效，被視為無效票證，無法抵扣稅費。