是的，根據國家稅法規定，公司變更股東，網上提交股權轉讓協議時，必須繳納資本利得稅。具體來說，如果股權轉讓實現利得，買方必須繳納利得稅，如果沒有實現利得，則買方不需要交稅。在股權轉讓協議中雙方應按照國家有關規定記載的價格和所交的實際稅金等信息，清楚反映出購買方的財產收入情況，以便確定該財產收入應繳納的稅款。 拓展知識：除了資本利得稅，公司變更股東，網上提交股權轉讓協議時還需要繳納地方稅，如增值稅、印花稅、資源稅等。完善股權轉讓協議的同時，還應當注意排查和收取相應的稅款。