針對客戶的發票聯抵扣聯丟失的情況，根據《發票管理辦法》關于發票抵扣聯丟失的規定，我們應當按照以下處理流程進行處理： 一、客戶應完善發票抵扣聯丟失申請表：核實客戶丟失抵扣聯的基本情況，包括發票號碼、開票日期、發票金額等。 二、客戶需提供發票丟失的證明材料：客戶應提供發票丟失的證明材料，包括開票方的開票發票銷售證明函或其他意外損失的證明，以證明客戶發票聯抵扣聯已經丟失。 三、提供合法的發票代用證明：提供有效的發票代用證明，如開票方確認有效的發票代用證明原件。 四、客戶提交發票補打申請：客戶應在發票抵扣聯丟失申請表內填寫正確的發票內容，并向發票機具生成補打發票。 拓展知識：一般來說，如果客戶的發票聯抵扣聯丟失，可以根據《發票管理辦法》，向發票機具補打發票。但如果客戶的發票聯抵扣聯遺失比較久，可能需要向稅務部門提交申請，以獲得政府頒發的稅收憑證。