母公司理論和主體理論在編制合并報表時存在一定差異。母公司理論認為，母公司應要求其他子公司的財務報表數據被合并到母公司的財務報表中，以形成母公司綜合報表體系，以反映母公司的整體財務狀況。而主體理論認為，母公司只要求其子公司的財務報表數據被報告在母公司的財務報表中，而不一定要求財務報表中必須形成母公司綜合財務報表體系。 由于這兩種理論的不同，因此，在商譽計算時報表數據也有所不同。母公司理論要求商譽計算時，母公司在財務報表中應當計入報表科目，而子公司的財務報表中則無需體現。而主體理論要求，母公司只要求子公司的財務報表中計入商譽科目，而不必在母公司的財務報表中計入商譽科目。此外，母公司理論還要求子公司若無商譽，母公司也必須計入報表科目，而主體理論則無此要求。 拓展知識：另外，兩種理論還會在計算帶權重的現金流量表中產生不同的影響，母公司理論要求報表中反映出母公司整體現金流量，而主體理論則只要求子公司的現金流量被報告在母公司的財務報表中。