首先，要整理應付賬款，需要對公司清楚的了解每一筆應付款的來源，也就是確定款項的具體期限和該筆款項應付的對象，以及其他相關的財務數據。其次，可以結合審計材料，以確保所有發票和應付賬款都已經清楚記錄。接下來，公司可以核實一下所有應付賬款，并根據合同要求安排付款，并記錄到財務系統，以便進行統計和分析。最后，公司可以合理安排付款，將應付賬款付清，以確保公司正常的發展和財務安全。