連鎖藥店普遍是以一家一家的方式做賬，但也有例外，比如某些連鎖藥店可能有一個總的帳戶，所有門店的財務都由一個中央辦公室來管理。 在美國，連鎖藥店必須為銷售的藥品繳稅，特別是那些有稅率較高的藥品。連鎖藥店還必須遵守當地政府規定的稅收要求，如新建或更新設備，以及繳納營業稅和收入稅，等等。