海關專用繳款書可以通過海關歸檔，查驗核準的形式進行認證，抵扣時可以通過從一個海關的企業(yè)的報關后抵消另一個海關的繳稅和關稅的方式實現，這樣可以在一個海關減稅或免稅，同時另一海關得到關稅收入。此外，也可以通過減免海關收費和免除運雜費的方式抵扣，或者將海關專用繳款書用作海關補貼的數額來計算，以實現抵扣。