公司申報個稅時，應填寫的本期收入是實發工資。即扣除社會互助金、商業保險及住房公積金等后的實際應發金額。這兩者有一定的區別，實發工資是單位在當月實際付給員工的工資，而應發工資是單位根據本月應發工資政策確定的當月應發給員工的工資，但有可能受到各種社會保險政策的影響，實際付出的金額比應發的金額少。因此，在申報個人所得稅時，應填寫的是實發金額，而不是應發金額。