可以。具體來說，人防車庫的成本可以在土地增值稅清算中扣除。事實上，根據《中華人民共和國土地增值稅條例》的規定，當企業依據《中華人民共和國企業所得稅法》把財產賣給新的企業時，所產生的費用包括購置價款及必要的裝配費、無形資產費用及相關的關稅、增值稅及殘留價款等費用均可作為銷項稅額的減免項目。同樣，人防車庫的成本也可以作為銷項稅額的減免項目。根據《中華人民共和國企業所得稅法》的規定，企業可以在確定應稅銷售額的基礎上，綜合各項收入，對各類費用的抵扣征稅。