處理入庫單金額比付款金額大的問題，可以采取以下幾種處理方式： 1. 如果入庫金額比付款金額大，就將多余的金額存入公司的備用金中，以備以后使用。 2. 根據入庫單內容，決定是否調整金額以滿足付款要求。 3. 以沖正的形式處理，將入庫單進行沖正，重新進行下一次付款。 拓展知識：沖正是指企業在系統中重新審核、整理賬戶明細記錄，或者發生金額不符合預期，或補充原來未審核完整賬目等原因，引起賬戶收支明細紀錄不準確，以及存在記賬可以上的錯誤時，需要對原記賬的數據進行反向處理的操作。