增值稅留低，稅管員讓申請退稅，分錄的具體操作為： 先分別做兩條分錄： 1.借：借方科目為應交稅費，金額為申請退稅金額； 2.貸：貸方科目為現金，金額為申請退稅金額。 拓展知識：增值稅留低指的是由于實際應納稅額低于稅費表上稅率，造成稅款支出過低的現象。其實申請退稅，也可以通過稅務機關抵扣的方式，來實現退稅的要求，避免出現現金流不足的情況。