留底退稅并不等于全額退稅，一般而言，只會退還一部分稅款。例如，對于某家公司本年度的留底退稅金額為60萬元，但因為其他公司未付稅款以及遞延稅款等此類原因，國家決定該公司只可以退回50萬元稅款，剩余10萬元稅款將被作為財政儲備留存。因此，留底退稅并不表示公司可以全額退還稅款，而是一種保護機制，也是對公司對稅款留置的一種有限補償。