您好，按照個稅相關規定，若企業職工在個稅APP中提交的專項附加扣除申請，系統存在問題未能同步到自然人電子稅務局扣繳端，則應該在對應的月應納稅所征繳的增值稅納稅申報表中，補充填寫該職工個人專項附加扣除明細，方可完成納稅登記，從而實現職工個人所得專項附加扣除。需要說明的是，職工應當保存自身個稅APP上關于專項附加扣除的有效憑證，以備查驗。 拓展知識：專項附加扣除是一種稅收優惠政策，由政府制定相關的法律法規，旨在減輕中低收入者的稅負負擔，以促進財政的穩定和增加個人收入，從而促進經濟的發展。專項附加扣除包括子女教育、繼續教育、住房貸款利息等項目，具體政策及執行標準根據地區及時間不同而有所不同。