稅務機關退回來的稅款，應當由付稅人在《增值稅和附加稅申報表》對應當期申報項目、欄次，進行復核修改后，按照規定的權限等級確認退回的稅款，一般是稅務機關進行確認，而把退回的稅款錄入到賬務系統中，一般由會計部門完成，應當按記賬憑證登記在“應收稅款”科目，稅金會計處理完畢后，再按合同或協議等約定，進行實際退稅處理，向付稅人退還現金或通過轉帳等方式進行稅款的退款。