自然人獨資企業在年末對股東進行分紅時，是否要繳納20%的股東分紅稅，取決于企業的分紅方式及主管稅務部門的規定。從稅法來講，股東分紅需要繳納20%的分紅稅，這一稅收征收標準由企業和主管稅務部門商定，一般是15%或20%。 以某家私營企業為例，其股東在本財年度內實現了盈利，且資金夠支付分紅。該企業擬將分紅支付給其股東，此時依據稅法，股東分紅稅率視其分紅方式而定，如果采用“按實際營業利潤額減去所得稅額”方式分紅，則應按20%的比例繳納股東分紅稅；但如果采用“按納稅人主營業務收入成本總額減去采購等現金凈額”方式分紅，則應按15%的比例繳納股東分紅稅。另外， 稅法還規定，大份額股東或控股股東分紅額應滿足一定條件，以作為減少股東分紅稅的條件。 因此，自然人獨資企業在年末對股東分紅時，具體是否要繳納20%的股東分紅稅，就取決于企業的分紅方式及主管稅務部門的規定。