可以在申報表中選擇進項稅額轉出欄填寫上留底退稅的金額，將應退稅額減去進項稅額轉出欄的金額，結果再抵扣應交稅款。在分錄中，可以將選擇應收票據科目、進項稅額科目、應交稅費科目，分別借貸登記相關金額即可完成留底退稅的分錄記賬操作。