通用機打發票雖然也可以用于本入賬，但是與傳統方式相比還是存在一定的不足之處。首先，通用機打發票只能打印出一張基本發票信息，不能生成可追溯性強的有效憑據，無法實現發票信息的防偽和追溯查詢；其次，該類型的發票的安全性較低，易遭受篡改、竄改；最后，由于計算機與傳統發票的數據記錄存在差異，審計部門對通用機打發票的審計能力也會產生相應的影響。 盡管通用機打發票可能并不能完全取代傳統的本入賬方式，但它仍然有一定的應用價值。例如，通用機打發票可以有效解決傳統發票錄入、存儲及審核環節繁瑣的問題，可以有效提高企業的憑證處理速度。另外，該類型的發票還可以通過數據挖掘的手段，幫助企業分析出用戶的消費趨勢，進而實現更精準的市場定位。