答案是肯定的，工程款增值稅專票可以被抵扣，這是由中華人民共和國稅務總局頒布的《企業所得稅稅前抵扣規定》規定的。工程款增值稅專票的抵扣程序如下：企業必須在申報增值稅時，將支付給供應商的工程款增值稅專用發票抵扣在內。增值稅法第三十七條規定，企業依法確定的應納稅額中，可以扣除與購買貨物、接受勞務有關的稅收征收適用的進項稅額，以及依法確定的其他合法稅前抵扣項目。