一般來說，房屋租金和水電費不能計入研發費加計扣除的直接投入費用，但是也有特殊情況。根據稅法規定，企業可以將涉及到研發活動的房屋租金和水電費在研發費加計扣除中計入直接投入費用，條件是這些房屋必須為該企業的研發活動特別提供，房屋租金和水電費應當從研發活動開始就長期穩定支付，而且支付金額要符合稅務局規定的市場價格。只有滿足上述條件，房屋租金和水電費才能計入研發費加計扣除的直接投入費用。