住宿發票為專用發票，計入招待費的進項稅也不能抵扣嗎

對的，這個也是不能抵扣的。

那電子稅務局上的發票勾選一直都不能勾選是吧，還有這個住宿發票我是不是全額計入招待費了

對，你也可以勾選了，然后再進項稅額轉出。