按照通常情況，員工承擔的水電費及餐費部分金額應該到應發工資后扣除。建議企業設立規定，規定企業及員工職責，以明確責任關系，妥善處理費用扣減問題，為雙方提供必要的法律保護。比如，企業可以安排發出的工資及餐補，放在單獨一部分，員工可以選擇自行承擔用電及餐費，企業則可以從單獨一部分中扣減，以保證企業依法發放工資，維護員工及企業的權益。