根據《中華人民共和國發票管理條例》第九十六條，當發票供應方開出比實際發生額多出負數的發票時，應當優先抵扣原發票負數，如果原發票負數抵扣完畢，剩余的負數應當在新的發票上進行抵扣。所以，如果供應商給你公司多開了6000元的專票，你在付款的時候可以少付6000元，即把6000元的負數抵扣在新的發票上，而不用再另外支付。