首先，遲到扣的工資應納入現金賬戶，然后會計人員應當將其記錄在員工薪酬賬戶上，以表明公司支付了相應的薪酬。此外，也應當記錄在員工考勤賬戶上，以表明公司當月有多少員工遲到扣費。