但是，他只是根據債務的公允價值記量，并沒有確認，到長期股權中。

您好，長期股權投資入賬價值按放棄債權的公允價值

這補價不也是可歸屬于該項資產的成本嗎？

您好，這個就是準則優先級，《企業會計準則第22號—金融工具確認和計量》優先于《債務重組準則》 　　債權人受讓多項非金融資產，或者包括金融資產、非金融資產在內的多項資產的，應當按照《企業會計準則第22號—金融工具確認和計量》的規定確認和計量受讓的金融資產；按照受讓的金融資產以外的各項資產在債務重組合同生效日的公允價值比例，對放棄債權在合同生效日的公允價值扣除受讓金融資產當日公允價值后的凈額進行分配，并以此為基礎分別確定各項資產的成本。放棄債權的公允價值與賬面價值之間的差額，記入“投資收益”科目。