個人承擔的稅款怎么扣除呢？按自己申報的扣，還是按員工兩家公司合在一起的工資，算超出部分扣個稅

各自承包各自的，然后各自扣除各自的就可以了。

就是按自己的報，對嗎？不管另外一個公司的，其他扣除項等員工年底匯算清繳的時候在做，對嗎？

對的，就是這樣子理解。