不，耕地占用稅并不計入在建工程。在建工程主要包括土地購置費、建筑安裝工程費、設備購置費、基礎設施費、工程設計費等。耕地占用稅是對占用耕地進行建設的行為征收的稅種，屬于企業的稅費支出，不屬于在建工程的成本構成部分。