是他自己的收入，那會影響到公司嗎

你好不影響企業的收入。

稅務局會不會認定是公司的收入轉到法人賬戶里了？

個人交稅了沒有，他只要個人交稅了沒有問題，到時候查的話也是查他個人賬戶，和企業沒有關系，不影響企業的。

沒有交稅

沒有交稅，個人有風險的，不影響企業。