企業投資新公司99%，新公司的投資方經濟性質可以根據投資方的實際經濟性質來進行填寫，具體如下： 1.如果投資方是臺港澳商企業，那就填寫臺港澳商企業。 2.如果投資方是外資企業，那就填寫外資企業。 3.如果投資方是內資企業，那就填寫內資企業。 總之，投資方的經濟性質是根據投資方的實際經濟性質來填寫，需要具體情況具體分析。