我們食品制造業，可以在一張發票同時體現商品和運費？如可以，運費稅收編碼多少？

可以的，這個稅收分類編碼可以開票系統里面搜索一下

企業所得稅人數與個稅申報數不一致沒事不？稅務不會特意查吧？

這個稅務是不會特意查的。

主要做粽子，端午后不生產了，個稅申報7月132人，8-9月都為2人。今年6月22日為端午節，7-8為入規模企業開了1700萬左右的發票并確認收入，9月0申報，3季度企業所得稅申報季初人數為117人，季末2人，這樣沒關系不？

沒事，這個只要是真實的就行的。