直營門店的收入先進入控股公司，然后控股公司將收入轉回各個門店，再由各門店支付貨款給供應商，并由供應商開具發票。 關于增值稅的問題，根據中國的增值稅法規，如果直營門店是獨立的法人實體，則需要在各自的稅務登記證下進行獨立的稅務申報和納稅。因此，直營門店需要就其收入和支出繳納增值稅。同時，如果供應商開具的發票是針對直營門店的，那么該發票可以作為直營門店的成本進行核算。 至于合并報表的問題，如果直營門店和控股公司是同一集團內的關聯企業，則可以將直營門店的收入和支出納入控股公司的財務報表中進行合并。同時，供應商開具的發票可以作為直營門店的成本，并可以在合并報表中予以抵扣。