如果客戶在項目驗收時扣除了5萬元的費用，那么您可以在開具剩余35%發票時將該費用從發票金額中扣除。具體操作如下： 1.確定客戶已支付的金額：首先，您需要確定客戶已經支付的金額，以便了解尚未收取的發票金額。 2.計算扣除費用后的發票金額：將總金額的35%減去5萬元，得到扣除費用后的發票金額。 3.開具發票：在開具剩余35%的發票時，將扣除費用后的發票金額填寫在發票上，并在備注欄注明已扣除的費用。 例如，如果總金額為1000萬元，客戶已支付65%的金額，即650萬元，那么扣除5萬元費用后，您應該在剩余的35%發票上填寫金額為300萬元（1000萬元×35%-5萬元）。