公允價值變動損益是持有期間的公允價值變動，按照這來說的話，減少就做相反分錄嗎？

您的理解和描述非常準確。

是購入股票的話，持有期間二級市場的所有變動，第一次變動增加100，第二次又減少了100，每次變動在沒有出售之前，我都需要按照公允價值變動損益去進行賬務處理嗎？

是這樣處理正確的是的。