在合并報表時，對于母公司實控人兼大股東直接持有的控股子公司股份的處理，通常不會按照少數股東權益進行合并。這是因為實控人兼大股東對子公司的控制程度較高，其持有的股份應當被視為母公司的權益部分，而不是少數股東權益。 在編制合并報表時，母公司和其子公司的資產、負債、收入和費用等應當進行合并，以反映整個集團的財務狀況和經營成果。對于實控人兼大股東直接持有的子公司股份，其相關的權益和收益應當納入合并報表中，作為母公司權益的一部分進行反映。 需要注意的是，在合并報表編制過程中，還需要考慮其他因素，如子公司之間的交叉持股、合并報表的范圍確定等。因此，在實際操作中，建議根據相關法律法規和會計準則的規定，結合具體情況進行審慎處理。 對于母公司實控人兼大股東直接持有的控股子公司股份，在合并報表時不應視為少數股東權益，而應納入母公司權益部分進行反映。