非獨立核算的分公司企業所得稅的分配比例是在季度預繳和年度匯算清繳時都會涉及的。季度預繳時，分公司需要按照總公司分配的比例申報預繳企業所得稅；年度匯算清繳時，同樣需要根據分配比例計算應繳應退稅款。