根據中華人民共和國企業所得稅法及其實施條例的相關規定，企業在計算應納稅所得額時，可以依法扣除與取得收入有關的、合理的支出。對于因商品質量問題而被電商平臺扣除的款項，如果是作為違約金或賠償金支付給消費者的，且該支出與企業的生產經營活動直接相關，通常情況下可以視為企業的一項合理支出，在計算應納稅所得額時予以扣除。