在企業進行匯算清繳時，關于勞務派遣員工的工資是否應計入工資薪金，主要取決于具體的支付方式和稅務規定。 根據《關于企業工資薪金和職工福利費等支出稅前扣除問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第34號）第三條的規定，企業接受外部勞務派遣用工所實際發生的費用，應分兩種情況按規定在稅前扣除： 1.按照協議（合同）約定直接支付給勞務派遣公司的費用，應作為勞務費支出。 2.直接支付給員工個人的費用，應作為工資薪金支出和職工福利費支出。 企業是打款給勞務派遣公司，由勞務派遣公司來支付勞務人員的工資。因此，這部分費用實際上是企業按照協議（合同）約定直接支付給勞務派遣公司的，應當作為勞務費支出，而不是工資薪金支出。 雖然企業不直接將工資支付給勞務派遣員工，但勞務派遣員工的工資本質上仍屬于其勞動報酬的一部分。根據《中華人民共和國勞動合同法》第六十三條的規定，被派遣勞動者享有與用工單位的勞動者同工同酬的權利。因此，在計算企業的工資總額時，勞務派遣員工的工資應當納入考慮。 所以，在企業進行匯算清繳時，支付給勞務派遣公司的費用應作為勞務費支出處理，而不是工資薪金支出。但在計算企業的工資總額時，勞務派遣員工的工資應當納入考慮。