1.核對數據：首先，需要核對報關單解密后的數據和進項發票的數據，確保兩者之間的差額準確無誤。核實報關單上的數量、金額和稅則號等信息是否與增值稅發票上的信息一致。 2.分析差異原因：找出報關單解密后數據大于進項發票的具體原因。可能是由于報關數量與發票數量不一致、稅率差異、折扣或優惠等因素造成的。 3.處理差異：如果是因為報關數量與發票數量不一致，但金額同比例少開了發票，那么可以在規定的時間內（如90天內）將差額部分再開一張發票，或者作廢原來的發票，重新開具一張按照報關單上數量和金額的新發票。如果差異是由稅率、折扣或優惠等因素造成的，需要根據稅法規定進行調整。 4.退稅申請：在處理完差異后，如果發現實際支付的稅款超過了應繳納的稅款，可以向稅務機關申請退稅。退稅申請需要提交相關的證明材料，如報關單、增值稅發票、購銷合同、付款憑證等。退稅申請的具體流程和要求可能因地區和行業而異，需要參照當地稅務機關的規定進行。 5.注意事項：在處理報關單解密大于進項發票的問題時，需要注意時間限制和稅法規定，確保操作的合規性。同時，要保持與稅務機關的溝通，及時了解最新的政策和規定，避免因為不了解政策而造成不必要的損失。