研發部門的房屋折舊費通常不可以加計扣除。 根據《財政部、國家稅務總局、科技部關于完善研究開發費用稅前加計扣除政策的通知》（財稅〔2015〕119 號），可加計扣除的研發費用中的折舊費用，指的是用于研發活動的儀器、設備的折舊費，不包括房屋折舊費。 然而，在高新技術企業認定中，研發部門自用房屋的折舊費在一定條件下可作為研發費的歸集范圍。但需注意的是，這并不意味著可以直接將其用于加計扣除。 具體政策可能會隨著時間和地區而有所變化，建議關注最新的稅收政策和相關法規，或者咨詢當地的稅務部門，以確保準確申報和享受相關優惠政策。同時，企業應按照國家財務會計制度要求，對研發支出進行會計處理，并準確歸集核算各項研發費用。在一個納稅年度內進行多項研發活動的，需按照不同研發項目分別歸集可加計扣除的研發費用，并對研發費用和生產經營費用分別核算，準確、合理歸集各項費用支出，對劃分不清的，不得實行加計扣除。