在匯算清繳時，職工福利費、補充養老保險費和補充醫療保險費不能直接加計扣除并算進研發費用，而高企也不算入的原因是，這些費用有其特定的稅前扣除規定。 根據相關政策，企業為在本企業任職或者受雇的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，在不超過職工工資總額5%標準內的部分，準予在計算應納稅所得額時扣除；超過的部分，不予扣除。 而研發費用加計扣除政策有其明確規定的范圍。比如人員人工費用包括直接從事研發活動人員的工資薪金、基本養老保險費、基本醫療保險費、失業保險費、工傷保險費、生育保險費和住房公積金，以及外聘研發人員的勞務費用。但需要注意的是，職工福利費、補充養老保險、補充醫療保險不屬于人員人工費用，應按規定列入其他相關費用，并采取限額扣除的方式。