申請報關和出口退稅的單位不一致可能會對出口退稅產生影響，但在符合特定條件的情況下，仍然可以申請退稅成功。 根據相關規定，自2017年開始，電子口岸會同時向出口報關單的“境內發貨人”和“生產銷售單位”傳輸出口報關單的電子信息。如果“境內發貨人”和“生產銷售單位”不是同一企業，即屬于委托代理出口的情況，那么需要提供境內收發貨人和生產銷售單位的《委托代理協議》。 也就是說，當境內收發貨人是受托方，生產銷售單位是委托方時，需要向委托方所在地稅務局提供受托方主管稅務機關簽發的代理出口貨物證明，以及代理出口協議復印件。代理出口貨物證明是委托方申報辦理退稅的重要憑證之一，代理出口業務一律在委托方辦理有關退稅事宜。 如果委托方放棄退稅，也可開具增值稅銷售專用發票給受托方，受托方相當于購進非自產貨物出口，拿到對方發票后不可抵扣，需要做進項轉出，受托方享受出口免稅。 但是，如果在電子口岸中查詢到既不屬于自己出口也不屬于委托別人出口的報關單，那么這種情況就屬于報關錯誤。例如自營出口時，“生產銷售單位”報成了工廠，那么就不能申請退稅，而是要給工廠（委托方）開具代理出口貨物證明由工廠退稅。出現這種情況還需要和當地稅局溝通，但能否溝通成功存在一定的不確定性。