公司總實繳金額嗎？？

不是的，他轉讓出去對應的這一部分成本。

公司注冊資本是200萬，他的認繳金額是44萬，到實繳金額為0,現在他以20萬的金額把所有股權都轉讓出去了

你好，那就是20萬乘以20%，按照這個來交個稅。那會有盈利嗎？如果有盈利的話，還需要交一個盈利的金額乘以股權轉讓比例乘以20%的個稅。