因為是異地工程，開票開不征稅發票，但是預繳應該是需要正常預繳吧？

你好對的是的，你收到了錢的事的

那我的納稅義務是什么時候開始呢？

收到了錢，納稅義務就發生了。

收到錢后，我就需要開9%稅率的發票給甲方？還是說我按進度款開9%稅率的發票？預付款，是需要在每筆進度款中扣除的

沒有開始施工，開不征稅的可以的。開始施工了之后，你紅沖這個發票按照9%正常的稅率來開。