那分錄怎么做呢？

你是認證還是沒認證？

比如這月進項26000(一張發票)，銷項有13000，是不是要把進項全部認證抵扣才能不交13000的稅，

是的，你的理解非常正確

一張發票不能分開認證

那這個就有留抵，留抵需要做分錄嗎？

有留抵，月末，借應交稅費未交增值稅，貸應交稅費應交增值稅（轉出多交增值稅）