如果在個稅扣繳系統中先手動增員后再進行批量導入，且導入數據中包含了手動增加的員工信息，系統通常會根據員工的唯一標識（如身份證號）來判斷。如果系統設置為覆蓋舊數據，那么批量導入的數據將會覆蓋手動輸入的信息。如果系統不覆蓋，可能會提示數據重復。建議檢查系統的具體設置或導入前確認數據的唯一性，以避免數據沖突。